Méthodes Phylogénétiques Comparatives : comment parler du process à partir du pattern ?

Cet automne 2017, les journées annuelles de la Société Française de Systématique seront consacrées à un pan important de la biologie évolutive : les méthodes phylogénétiques comparatives (MPC).

Ce terme un peu «fourre­-tout» désigne habituellement  l’étude   des   espèces, populations et individus dans un contexte historique dans le but d’expliquer les mécanismes à l’origine d’une certaine diversité du vivant (Paradis, 2014 ; traduction des auteurs). Qui dit historique (dans un cadre évolutif) dit relations de parenté. Ces méthodes sont donc fondamentalement liées à la phylogénétique – et par conséquent à la systématique – et s’inscrivent donc naturellement au cœur des problématiques de la SFS.

Développées depuis les années 80, notamment sous l’influence des travaux de Felsenstein (1985), le champ de recherche des MPC concerne des méthodes et disciplines variées utilisant les phylogénies comme support : inférences d’états de caractères ancestraux,  estimation des différents signaux présents dans ces traits (phylogénétiques, fonctionnels, structuraux,...), étude de l’adaptation, conservatisme phylogénétique de niche, taux de diversification et innovations clefs, rythmes d’évolution, dates de divergence, phylogéographie, cospéciation, etc. (Harvey et Pagel, 1991 ; Blomberg et Garland, 2002 ; Desdevises et al., 2003 ; Garamszegi, 2014).

Bien que de plus en plus utilisées, les MPC n’ont à ce jour bénéficié que d’une communication limitée en France. Les précédentes journées de la SFS ont habituellement porté sur des thématiques de reconstruction phylogénétiques et de taxonomie (en témoignent les Biosystema 1, 4, 11 ou 22, pour ne citer qu’eux), même si les journées de 2012 (« La Systématique au­ delà de la phylogénétique ») comprenaient nombre de communications traitant du sujet. Cette année la société a décidé de consacrer ses prochaines journées aux MPC, en suivant 3 axes principaux :

(1) Issu principalement des statistiques, le langage des MPC peut apparaître obscur aux non­ spécialistes. Une session introductive servira de socle pour la suite des journées. Un atelier d’initiation (workshop) sera également mis en place le dernier jour.

(2) La deuxième session sera consacrée aux développements de la discipline et aux applications empiriques. Des présentations seront notamment consacrées à l'implémentation des MPC en paléontologie, discipline devenue presque indispensable dans l’utilisation de certaines méthodes (datations, inférence des états ancestraux – ex : Bapst, 2014 ; Benton, 2015).

(3) Enfin, la deuxième journée sera consacrée aux sujets libres (ou en rapport avec les MPC) avec deux sessions aux thématiques plus classiques : "Paléontologie et Anatomie comparée" et "Systématique moléculaire".

Les journées se dérouleront à l’Observatoire Océanologique de Banyuls (UPMC-­CNRS), où est basé Yves Desdevises, professeur à l’UPMC et pionnier des MPC en France. Le lieu est aussi proche de l’université de Montpellier, notamment de l’ISEM où ces méthodes sont développées depuis plusieurs années.

Enfin, ces journées seront traditionnellement terminées par l’assemblée générale de la SFS et la remise du prix Jacques Lebbe.


En espérant vous voir nombreux !
Paul Zaharias & Lucas Legendre


Références :
Bapst DW. 2014. Assessing the effect of time-scaling methods on phylogeny-based analyses in the fossil record. Paleobiology 40: 331-351.
Benton MJ. 2015. Exploring macroevolution using modern and fossil data. Proc. R. Soc. B 282: 20150569.
Blomberg SP & Garland T. 2002. Tempo and mode in evolution: phylogenetic inertia, adaptation and comparative methods. Journal of Evolutionary Biology 15: 899-910.
Desdevises Y, Legendre P, Azouzi L, et al. 2003. Quantifying phylogenetically structured environmental variation. Evolution 57: 2647-2652.
Felsenstein J. 1985. Phylogenies and the Comparative Method. The American Naturalist 125: 1-15.
Garamszegi LZ. 2014. Modern Phylogenetic Comparative Methods and Their Application in Evolutionary Biology. Berlin: Springer.
Harvey PH, Pagel MD. 1991. The Comparative Method in Evolutionary Biology. Oxford: Oxford University Press.

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